La gestión ambiental es la interacción y desarrollo de los procesos establecidos en la CDMB para el cumplimiento de sus objetivos misionales. Su punto de partida es el conocimiento de la situación físico-biótica y socio-económica de los diferentes ecosistemas existentes en su área de jurisdicción, que permite con la participación de los diferentes actores sociales, diseñar instrumentos para la recuperación y conservación del medio ambiente y los recursos naturales renovables, propiciando su desarrollo sostenible.

La base de la gestión lo constituye el ordenamiento ambiental del territorio y de los recursos naturales renovables y la formulación de sus planes de manejo, a través de los cuales se podrán alcanzar los objetivos de recuperación, conservación y desarrollo sostenible. El ordenamiento tiene un escenario a nivel de cuenca hidrográfica, cuya responsabilidad es de la CDMB y un escenario a nivel de área político administrativa, cuya responsabilidad es de la respectiva administración municipal en cabeza del señor Alcalde y su Concejo Municipal y para la cual, la CDMB establece unos determinantes ambientales. Aquellas áreas que tienen una especial significancia ambiental por su biodiversidad y/o por ser prestadoras de bienes y servicios ambientales, son objeto de un tratamiento y uso más restrictivo para su conservación, a través de las figuras de áreas protegidas y/o áreas de manejo especial.

Como documento estratégico de su gestión ambiental la CDMB cuenta con un  Plan de Gestión Ambiental Regional, el cual se formula con un horizonte mínimo de 10 años y como documento guía para la gestión de un período de la Dirección General, se diseña un Plan de Acción con un horizonte de tres años, que se incrementará a cuatro años como resultado de la unificación de periodos con los gobernadores y alcaldes de los entes territoriales. Este Plan de Acción contempla los programas y proyectos que se van a ejecutar para cada uno de los años, con sus objetivos, metas, indicadores, monto de las inversiones y fuentes de financiación.

La gestión involucra la educación ambiental y participación ciudadana, el conocimiento, conservación y aprovechamiento sostenible de la biodiversidad, el control a los diferentes proyectos y/o actividades que afecten o puedan afectar el medio ambiente, el control de la contaminación ambiental, la administración, aprovechamiento y control de los recursos naturales renovables, la ejecución de proyectos en áreas urbanas y rurales, la gestión del RIESGO, la asistencia técnica ambiental a los entes territoriales, la promoción de procesos de producción más limpia  y el monitoreo permanente del medio ambiente.