La política que orienta el programa de biodiversidad apunta a la conservación y restauración de áreas prioritarias de ecosistemas forestales y no forestales en ecorregiones estratégicas y a la protección de especies amenazadas y de distribución limitada. Busca además, fortalecer los sistemas de conocimiento e innovación sobre los componentes y usos de la biodiversidad, optimizando sus beneficios socioeconómicos y fortaleciendo la capacidad tecnológica, de manejo y negociación por parte del Estado y la Sociedad. 

Dentro de este programa se han contemplado dos objetivos institucionales:

• Inventario, caracterización, control y conservación de flora y fauna silvestre.
• Conservación, investigación y propagación de la flora en el Jardín Botánico Eloy Valenzuela.