La gestión institucional está enmarcada en el Plan de Acción y tiene como soporte los lineamientos de la Política Nacional Ambiental - Proyecto Colectivo Ambiental.
La gestión financiera adelantada durante cada año permite obtener los recursos necesarios para financiar tanto el funcionamiento de la CDMB como los diferentes proyectos de inversión, de tal forma que al cierre de la vigencia fiscal no sólo se cumple con las metas del Plan de Acción, sino que además, quedan recursos que podrán ser incorporados en el presupuesto del año siguiente.